A partir de 1489 se producirán profundos cambios en una sociedad que durante siete siglos había tenido como horizonte el Islam. Por un lado la conquista por parte de los Reyes Católicos del Valle del Almanzora y por otro la dura convivencia e incluso podríamos hablar de lucha en todos los niveles entre los cristianos viejos y los moriscos por la propiedad del mayor número posible de terreno de regadío, terreno que era la base de la alimentación familiar, del crédito personal, del prestigio social. Todo ello hay que unir la difícil inserción de las actividades económicas moriscas en la economía castellana provocan un retroceso económico afectando a la industria de la seda, de gran importancia en Cantoria.

Pero Los motivos que originaron la guerra aparte de los citados anteriormente cabe citar la presión ejercida sobre la comunidad morisca, intentando que abandonaran sus costumbres y tradiciones. Sin olvidar las malas condiciones económicas -la cosecha de 1567 fue mala- y la situación de desventaja y agravio económico y social con respecto a los cristianos viejos, la prohibición de vestir "a la morisca", obligación de aprender castellano desde los cinco años, prohibición de los Baños, de los ritos y ceremonias propias, de residir a menos de cinco leguas de la costa, prohibición de celebrar los Viernes, etc.

la guerra se originó en las Alpujarras lideradas por Aben Humeya y extendidas al Valle del Almanzora. En Cantoria la proporción moriscos-cristianos viejos, era muy favorable a los primeros. En 1570, doscientos cincuenta vecinos moriscos por cincuenta cristianos viejos.

El encargado de aplacar la revelión en el Valle fue el Marqués de los Vélez, este contaba con la ayuda de su servidor Martín de Falces y su cargo un grupo armado de gentes de Lorca. La siguiente Crónica de Luis de Mármol y Carvajal está recogida en libro Séptimo, Capítulo XX de su “Historia de la rebelión y castigo de los moriscos del Reino de Granada” que relata el saqueo de Cantoria por estas gentes de Lorca:

“Habiendo los de Lorca socorrido la fortaleza de Oria, y sacado la gente inútil que allí había, quisieran mucho ir luego sobre la villa de Galera,  sabiendo que los moriscos de allí estaban alzados, y el daño que habían hecho  en los de Huéscar; y juntándose con los capitanes a consejo, no vinieron en  ello, diciendo que no habían salido por aquel efecto, ni era bien poner el  estandarte de su ciudad debajo del de don Antonio de Luna sin orden de su  majestad. Y siendo avisado, que en la villa de Cantoria había muchas  mujeres, ropa y ganados, y que tenían los moros una casa de munición, donde  hacían pólvora, acordaron de ir sobre ella; y repartiendo munición a los  arcabuceros, a media noche salieron de Oria con propósito de llegar a  darles una alborada, por estar Cantoria cuatro leguas de allí; mas es tan  áspero el camino, que no pudieron llegar hasta que ya era alto el día,  porque les amaneció en Partaloba, y hallando los moros apercibidos, pasaron con la gente en ordenanza por las huertas, y caminando por el río abajo,  descubrieron la fortaleza de Cantoria, y vieron estar en la muralla y sobre  los terrados mucha gente haciendo algazaras con instrumentos y voces que  atronaban aquella tierra, y muchas banderas tendidas por las almenas; los cuales comenzaron luego a tirar con dos tirillos de artillería que tenían.  El alcalde mayor envió una compañía de arcabuceros por una ladera arriba a que tomase un peñón que está a caballero de la fortaleza; y con toda la otra gente se arrimó a la puerta del rebellin, y comenzó a pelear con los de  dentro, que se defendían con escopetas y ballestas y hondas. Duró la pelea  desde las siete de la mañana basta las dos de la tarde. En este tiempo  nuestra gente ganó el peñón, y teniendo desde allí la muralla y los terrados a caballero, que no se podía encubrir nadie de los que andaban de dentro,  mataron algunos moros, y tuvieron lugar de poder llegar los que estaban con  el alcalde mayor a desquiciar las puertas primeras del rebellin con rejas de  arados y con hazadones y hachas, donde los moros tenían metido todo el  ganado. Y entrando dentro, aunque de las saeteras y traveses del muro  principal herían algunos soldados, se metieron en la casa de la munición que  estaba entre los dos muros, y desbarataron el ingenio de refinar el salitre  y de hacer la pólvora, y pegaron fuego al edificio y lo quemaron todo. Y  porque no se podía entrar la fortaleza sin artillería o escalas, sacaron dos  mil y setecientas cabezas de ganado menudo y trescientas vacas, y se  retiraron. Y enviando delante a Martín de Molina con treinta caballos y  trecientos peones, que se alargase con la cabalgada y procurase llegar  aquella noche al lugar de Güércal de Lorca, porque se tuvo entendido que  acudirían muchos moros, según las grandes ahumadas que hacían, llamándose  unos a otros por todo el río de Almanzora, caminó luego el alcalde mayor con  toda la otra gente; y como cerca del lugar de Alboreas se descubriesen  cantidad de enemigos, que venían al socorro de Cantoria, del río de Almanzora, y hallando nuestra gente retirada, la seguían, estuvo un rato  hecho alto para que el ganado tuviese lugar de alargarse; y entre tanto envió algunos caballos a reconocer qué gente era la que parecía, y tras dellos fue él propio, y reconoció cuatro banderas de moros que iban algo arredradas, y parecía que caminaban a meterse en las huertas de Alboreas, donde había un paso peligroso por la espesura de las arboledas y de las acequias que cruzaban de una parte a otra sin puentes. Y temiendo que si los moros tomaban aquel paso podrían hacerle daño, porque de necesidad habían de ir las hileras desbaratadas, hizo muestra de aguardarlos para pelear a la entrada de las huertas. A este tiempo había pasado ya la presa de la otra parte de las huertas, y los moros, teniendo entendido que pues aquella gente hacía alto para pelear, debía tenerles armada alguna emboscada, dejando el camino del río, que llevaban, subieron a gran priesa por encima de una venta que dicen de Bena Romana, y desde allí comenzaron a arcabucear a nuestra retaguardia. En este lugar quisieran los de Lorca dar Santiago en los enemigos; mas el alcalde mayor no lo consintió, diciendo que pasasen adelante; que él les daría orden para ello en hallando disposición de sitio donde los caballos se pudiesen revolver. Y habiendo pasado la venta y atravesado el río y un lodazar grande que se hacía par della, llegando como media legua adelante cerca de donde dicen el Corral, puso toda la gente en orden de batalla.

Los enemigos llegaron hechos una grande ala, y como prácticos en la tierra, enviaron tres turcos de a caballo y cinco moros de a pie que descubriesen nuestras ordenanzas y viesen la orden que llevaban y el sitio y disposición en que estaban puestos; porque, como habían venido hasta allí algo arredrados, aún no sabían bien con quién habían de pelear. Y habiéndolos reconocido y descubierto una emboscada de infantería y de caballos que el capitán Diego Mateo les había puesto a un lado del camino, pareciéndoles que era poca gente, según la mucha que ellos traían, acometieron con grandes alaridos, disparando sus escopetas y ballestas; mas los hombres de Lorca, acostumbrados a no temer, habiendo hecho su oración y encomendándose a Dios, dieron Santiago en ellos, y la caballería procuró atajarlos y entretenerlos con su acometimiento mientras llegaba la infantería; y fue tan grande el ímpetu de los unos y de los otros, que no tuvieron lugar de tirar más que una rociada de arcabucería, porque llegaron luego a las manos; y peleando esforzadamente caballos y peones, mataron algunos turcos y moros que venían de vanguardia, y pusieron los otros en huida, y les tomaron cinco banderas. Peleó este día un moro que llevaba la una destas banderas admirablemente, el cual estando pasado de dos lanzadas y teniéndole atravesado con la lanza el alférez de la caballería, con la una mano asida de la lanza del enemigo, y la otra puesta en la bandera, estuvo gran rato lidiando, hasta que el alcalde mayor mandó a un escudero que le atropellase, con el caballo, y caído en el suelo, jamás pudieron sacarle de las manos la bandera mientras tuvo el alma en el cuerpo. Estas banderas eran de los lugares de Códbar, Líjar, Albánchez, Purchena, Serón, Tavernas, y Benitagla, y venía con ellas un hijo del Maleh (Capitán de los Moriscos de la Alpujarra). Siendo pues los moros vencidos, y muertos más de cuatrocientos y cincuenta de ellos, los otros se derribaron por unas ramblas abajo, y por ser ya noche, no pudieron seguir los nuestros el alcance. Murieron de nuestra parte dos soldados, y hubo heridos treinta y siete, y entre ellos cinco escuderos y catorce caballos muertos: algunos desbarrigó un moro al pasar por junto a una paredeja de piedra, estando cubierto con ella, con una lanzuela en la mano. Y siendo ya anochecido, caminaron a paso largo hasta alcanzar a Martín de Molina, y aquella noche se alojaron en Güércal de Lorca con buenas guardas y centinelas. Allí recibió el alcalde mayor una carta de su cabildo, encargándole que volviese a poner cobro luego en aquella ciudad, porque había cada hora rebatos de moros; a la cual no quiso responder más de enviar a Martín de Molina y a Pedro de Oliver con las nuevas del buen suceso. Otro día a 13 de noviembre caminó la vuelta de Lorca, donde fueron todos alegremente recibidos de los ciudadanos; y las banderas que se ganaron a los moros quedaron por trofeo en aquella ciudad en memoria desta vitoria, y votó el cabildo de los regidores de celebrar cada año la fiesta de señor san Millán, por haber sido en el día de su festividad”.

El final de la guerra fue trágico para los moriscos, La revuelta fue aplacada por Don Juan de Austria y en marzo de 1570 Felipe II ordena la expulsión de los mismos del Reino de Granada. Los moriscos del Valle del Almanzora son deportados a Cuenca donde malviven y muchos mueren, los que no de enfermedades, de hambre. En 1610 se ordena la expulsión definitiva de todos los reinos de España.